Организации, применяющие УСН, перечисляют в бюджет НДС при ввозе товаров в Россию, а также при исполнении обязанностей налогового агента либо плательщика при совершении операций, облагаемых НДС, в соответствии с договором простого или инвестиционного товарищества, концессионным соглашением или в рамках доверительного управления имуществом.
Кроме того, организации, применяющие УСН, уплачивают в бюджет НДС, если покупателю товаров (работ, услуг) выставляются счета-фактуры с выделенной суммой налога.